La infección puede pasar desapercibida durante un lapso de tiempo variable, incluso años.
La aparición de los síntomas se da cuando el nivel de defensas del organismo se encuentra en un nivel crítico y empiezan a aparecer infecciones oportunistas y ciertos tipos de cáncer, incluyendo linfomas y sarcomas de piel.
Las manifestaciones varían de acuerdo con el tipo y severidad de la infección, incluyendo síntomas gastrointestinales, respiratorios y cutáneos, entre otros.