Entre las causas de cistitis se incluyen infecciones bacterianas, uso de sondas para evacuar la orina, uso de sustancias irritantes como espermicidas o algunos jabones para higiene femenina, ciertos medicamentos, presencia de cálculos en la vejiga, radioterapia para el tratamiento del cáncer, entre otros.
La cistitis puede presentarse como una complicación secundaria a procesos pélvicos inflamatorios, endometriosis, diverticulitis, lupus, tuberculosis y en el curso de un proceso inflamatorio crónico de origen desconocido, denominado cistitis intersticial.