Aunque se ha observado que la enfermedad puede tener un carácter hereditario, no se conocen las causas exactas por las que se presenta. Además, se ha observado que los estímulos que pueden afectar a algunas personas, pueden no afectar a otras, aunque hay tres causas que se consideran las más frecuentes:
- Ciertos tipos de comida: en algunos individuos, el chocolate, la leche y sus derivados, la cafeína, las bebidas gaseosas, el alcohol o los azúcares pueden ser causantes de colon irritable.
- Cambios hormonales: al llegar a la menopausia o en ciertos momentos del ciclo menstrual, las molestias que produce el síndrome de colon irritable aumentan en algunas mujeres.
- Desequilibrios emocionales: en algunos casos, el síndrome de colon irritable es producto de la angustia, la depresión, el estrés y otros trastornos emocionales. Se ha observado que la enfermedad se presenta o se agrava en personas que tienen problemas familiares o que se encuentran en situaciones estresantes como trasteos, viajes, problemas en el estudio, entre otros.